تاریخ ایرانی: در روز اول اردیبهشت ۱۳۵۹، چند روز پس از طرح بحث‌هایی پیرامون تعطیلی دانشگاه‌ها و «انقلاب فرهنگی»، امام خمینی طی سخنانی بر لزوم اسلامی شدن دانشگاه‌ها تاکید کرد.
شورای انقلاب به دنبال ملاقات با امام در بیانیه ۵۹/۱/۲۹ خود مقرر کرد که دانشگاه باید از حالت ستاد عملیاتی گروه‌های گوناگون خارج شود. در این بیانیه، سه روز مهلت برای برچیده شدن دفا‌تر و تشکیلات گروه‌ها در دانشگاه‌ها تعیین و افزوده شده بود که امتحانات دانشگاهی باید تا ۱۴ خرداد به پایان برسد و از ۱۵ خرداد دانشگاه‌ها تعطیل و هرگونه اقدام استخدامی و مانند آن در دانشگاه متوقف گشته و نظام آموزشی کشور بر اساس موازین انقلابی و اسلامی طرح‌ریزی شود. پس از تعطیل رسمی دانشگاه‌ها، امام خمینی در ۵۹/۳/۲۳ فرمانی مبنی بر تشکیل ستاد انقلاب فرهنگی صادر کرد.
امام خمینی در روز اول اردیبهشت‌ماه در جمع اقشار مختلف مردم، دانشجویان عضو انجمن اسلامی دانشگاه‌ها و سازمان‌های دانشجویی مسلمان سراسر کشور طی سخنانی مهم روند انقلاب فرهنگی را شتاب بخشید. متن این سخنرانی بدین شرح است: «سلام بر شما ملت بزرگ ایران. سلام بر ملت مسلمان جهان. سلام بر دانشگاهیان و دانشجویان معظم که سربازانی برای اسلامند. و من لازم است که یک تذکر به شما بدهم که بدانید مقصود ما از اصلاح دانشگاه‌ها چیست؟ بعضی گمان کردند که کسانی که اصلاح دانشگاه‌ها را می‌خواهند و می‌خواهند دانشگاه‌ها اسلامی باشد این است که گمان کردند که - این اشخاص توهم کردند که - علوم دو قسم است: هر علمی دو قسم است. علم هندسه یکی اسلامی است، یکی غیر اسلامی. علم فیزیک یکی اسلامی است، یکی غیر اسلامی. از این جهت اعتراض کردند به اینکه علم، اسلامی و غیر اسلامی ندارد. و بعضی توهم کردند که این‌ها که قائلند به اینکه باید دانشگاه‌ها اسلامی بشود؛ یعنی فقط علم فقه و تفسیر و اصول در آنجا باشد. یعنی همان شأنی را که مدارس قدیمه دارند باید در دانشگاه‌ها هم همان تدریس بشود. این‌ها اشتباهاتی است که بعضی می‌کنند، یا خودشان را به اشتباه می‌اندازند. آنچه که ما می‌خواهیم بگوییم این است که دانشگاه‌های ما، دانشگاه‌های وابسته است. دانشگاه‌های ما دانشگاه‌های استعماری است. دانشگاه‌های ما اشخاصی را که تربیت می‌کنند، تعلیم می‌کنند، اشخاصی هستند که غرب‌زده هستند. معلمین بسیاریشان غرب‌زده هستند و جوان‌های ما را غرب‌زده بار می‌آورند. ما می‌گوییم که دانشگاه‌های ما یک دانشگاه‌هایی که برای ملت ما مفید باشد، نیست. ما بیشتر از پنجاه سال است که دانشگاه داریم، با بودجه‌های هنگفت کمرشکن که از دسترنج همین ملت حاصل می‌شود، و در این پنجاه سال نتوانستیم در علومی که در دانشگاه‌ها کسب می‌شود خودکفا باشیم. ما بعد از پنجاه سال اگر بخواهیم یک مریضی را معالجه کنیم، اطبای ما بعضی‌هایشان یا بسیاریشان می‌گویند این باید برود به انگلستان؛ پنجاه سال دانشگاه داشتیم و طبیبی که بتواند کفایت از ملت بکند، از احتیاج ملت بکند، به حسب اقرار خودشان نداریم. ما دانشگاه داشتیم و داریم و برای تمام شئونی که یک ملت زنده لازم دارد احتیاج به غرب داریم. ما که می‌گوییم دانشگاه باید از بنیان تغییر بکند و تغییرات بنیادی داشته باشد و اسلامی باشد، نه این است که فقط علوم اسلامی را در آنجا تدریس کنند. نه اینکه علوم دو قسمند. هر علمی دو قسم است: یکی اسلامی و یکی غیر اسلامی. ما می‌گوییم که در این پنجاه سال یا بیشتر که ما دانشگاه داریم، فرآورده‌های دانشگاه را برای ما عرضه دارید. ما می‌گوییم که دانشگاه‌های ما مانع از ترقی فرزندان این آب و خاک است.
ما می‌گوییم که دانشگاه ما مبدل شده است به یک میدان جنگ تبلیغاتی. ما می‌گوییم که جوان‌های ما اگر علم هم پیدا کردند تربیت ندارند. مربی به تربیت اسلامی نیستند. آن‌هایی که تحصیل می‌کنند، برای این است که یک ورقه‌ای به دست بیاورند و بروند و سربار ملت بشوند. آن طور نیست که به حسب احتیاجات ملت، به حسب احتیاجاتی که کشور ما دارد دانشگاه به آن ترتیب رفتار کند، و نگذارد این نسل‌های بزرگ و این جوان‌های بسیار عزیز به هدر بروند و قوای آن‌ها به هدر برود، در این پنجاه سال قوای ما را به هدر بردند یا به خدمت خارجی‌ها وادار کردند. معلمین مدارس ما، معلمین اسلامی به حسب نوع نیست، و تربیت در کنار تعلیم نبوده است. و لهذا آن چیزی که از دانشگاه‌های ما بیرون آمده است، یک انسان متعهد، یک شخصی که برای مملکت خودش دلسوز باشد، و تمام نظرش به این نباشد که منافع خودش را به دست بیاورد، ما نداریم. ما که می‌گوییم باید بنیاد این‌ها تغییر بکند، می‌خواهیم بگوییم که دانشگاه‌های ما باید در احتیاجاتی که ملت دارند، در خدمت ملت باشند، نه در خدمت اجانب. ما معلمینی که در مدارس ما، اساتیدی که در دانشگاه‌های ما هستند بسیاری از آن‌ها در خدمت غربند. جوان‌های ما را شستشوی مغزی می‌دهند. جوان‌های ما را تربیت فاسد می‌کنند. ما نمی‌خواهیم بگوییم ما علوم جدیده را نمی‌خواهیم. ما نمی‌خواهیم بگوییم که علوم دو قسم است که بعضی مناقشه می‌کنند. عمدا یا از روی جهالت. ما می‌خواهیم بگوییم دانشگاه‌های ما اخلاق اسلامی ندارد. دانشگاه ما تربیت اسلامی ندارد. اگر دانشگاه‌های ما تربیت اسلامی و اخلاق اسلامی داشت، میدان زد و خورد عقایدی که مضر به حال این مملکت است نمی‌شد. اگر اخلاق اسلامی در این دانشگاه‌ها بود این زد و خوردهایی که برای ما بسیار سنگین است، تحقق پیدا نمی‌کرد. این‌ها برای این است که اسلام را نمی‌دانند و تربیت اسلامی ندارند.
دانشگاه‌ها باید تغییر بنیانی کند و باید از نو ساخته بشود که جوانان ما را تربیت کنند به تربیت‌های اسلامی. اگر تحصیل علم می‌کنند، در کنار آن تربیت اسلامی باشد، نه آنکه این‌ها را تربیت کنند به تربیت‌های غربی. نه آنکه یک دسته به طرف غرب بکشانند جوان‌های ما را و یک دسته به طرف شرق و یک دسته با اشخاصی که با ما جنگ دارند، بالفعل اشخاصی که ما را می‌خواهند در انحصار اقتصادی قرار بدهند، یا برای ما ادعا می‌کنند که ما شما را، حصار اقتصادی می‌کشیم دور شما، و دست و پا می‌کنند در این موارد، یک دسته از دانشگاهی‌های ما، از جوان‌های ما کمک به آن‌ها نکنند. ما می‌خواهیم که چنانچه ملت ایران در مقابل غرب ایستاد، جوان‌های دانشگاهی ما هم همه در مقابلش بایستند. ما می‌خواهیم که اگر ملت ما در مقابل کمونیست ایستاد، تمام دانشگاهی‌های ما هم در مقابل کمونیست بایستند. نه اینکه وقتی این جوان‌هایی که به واسطه ساده لوحی خودشان، تربیت‌های باطل بعضی از معلمین را قبول کردند و حالا که ما می‌خواهیم یک دانشگاه مستقل درست کنیم و تغییر بنیادی بدهیم که مستقل بشود، وابسته به غرب نباشد، وابسته به کمونیسم نباشد، وابسته به مارکسیسم نباشد، چنانچه ما بخواهیم این طور کنیم، جبهه‌بندی می‌کنند. همین دلیل بر این است که ما دانشگاه اسلامی و دانشگاهی که تربیت کرده باشد جوانان ما را نداشتیم و نداریم. همین شاهد است بر اینکه جوان‌های ما تربیت صحیح نشدند، و از آن طرف دنبال تحصیل نیستند. تمام عمرشان را صرف شعار می‌کنند و صرف تبلیغ سوء باطل. طرفداری از امریکا، طرفداری از شوروی. ما می‌خواهیم که جوانان ما، جوانان مستقل باشند و خودشان را ببینند. احتیاجات خودشان را ببینند. شرقی نباشند. غربی نباشند. این‌هایی که راه افتادند در خیابان‌ها یا در خود دانشگاه‌ها و درگیری ایجاد می‌کنند. و زحمت برای دولت و ملت ایجاد می‌کنند، این‌ها اشخاصی هستند که طرفدار غرب یا شرقند. و به عقیده من طرفدار غربند. طرفدار امریکایند.
ما که امروز با امریکا در قبال هم ایستادیم، در قبال این ابرقدرت ایستادیم و احتیاج به این داریم که جوان‌های ما هم در قبال آن‌ها بایستند، جوان‌های ما در مقابل خودشان می‌ایستند و برای امریکا کار می‌کنند. ما می‌خواهیم دانشگاه‌ها را طوری کنیم که جوان‌های ما برای خودشان و برای ملتشان کار کنند. این آقایانی که اشکال می‌کنند در این معانی و کنار نشسته و اشکال می‌کنند، این‌ها گمان می‌کنند که اعضای شورای انقلاب نمی‌فهمند به اینکه معنی اسلامی کردن این نیست که در همه علوم دو قسم ما داریم. یک قسم هندسه اسلامی داریم. یک قسم هندسه غیر اسلامی. اشکال می‌کنند. نمی‌دانند که اعضای شورای ما که بعضی از آن‌ها دکتر هستند، و بعضی از آن‌ها مجتهد هستند، نمی‌فهمند این‌ها که علوم اسلامی جایی دارد. در مدارس قدیمه هست. و اینجا جای علوم دیگر است. لکن باید دانشگاه اسلامی بشود تا علومی که در دانشگاه تحصیل می‌شود در راه ملت و در راه تقویت ملت و با احتیاج ملت همراه باشد. ما می‌گوییم که برنامه‌هایی که در دانشگاه‌ها هست، منتهی می‌کند جوانان ما را به اینکه طرف کمونیسم کشیده بشوند یا طرف غرب و نباید این طور باشد. ما می‌گوییم که جوانان ما را این معلمینی که یا اساتیدی که در دانشگاه بودند و بعضی از آن‌ها که هستند، نمی‌گذارند تحصیل حسابی بکنند، آن‌ها را متوقف می‌کنند. مانع از پیشرفت آن‌ها هست. در خدمت غرب هستند و می‌خواهند مادر همه چیز محتاج به غرب باشیم. معنی اسلامی شدن دانشگاه این است که استقلال پیدا کند و خودش را از غرب جدا کند و خودش را از وابستگی به شرق جدا کند و یک مملکت مستقل، یک دانشگاه مستقل، یک فرهنگ مستقل داشته باشیم. عزیزان من، ما از حصر اقتصادی نمی‌ترسیم. ما از دخالت نظامی نمی‌ترسیم. آن چیزی که ما را می‌ترساند وابستگی فرهنگی است. ما از دانشگاه استعماری می‌ترسیم. ما از دانشگاهی می‌ترسیم که جوان‌های ما را آن طور تربیت کنند که خدمت غرب بکنند. ما از دانشگاهی می‌ترسیم که آن طور جوان‌های ما را تربیت کنند که خدمت به کمونیسم کنند. ما می‌خواهیم که دانشگاه ما مثل اشخاصی که - بعضی از این اشخاصی که - اشکال به این مسئله کردند، نباشند. این‌ها نمی‌فهمند معنای استقلال و معنای اسلامیت دانشگاه را. من آن چیزی را که شورای انقلاب و رییس‌جمهور گفته‌اند راجع به تصفیه دانشگاه و راجع به اینکه باید دانشگاه از این جهاتی که در آن هست بیرون برود تا مستقل بشود، تا بتوانیم ما استقلالش را حفظ کنیم، پشتیبانی می‌کنم. و من از تمام جوان‌ها، از تمام جوان‌ها خواستارم که کارشکنی نکنند و مقاومت نکنند و نگذارند که اگر مقاومت کردند، ما تکلیف آخر را برای ملت معین کنیم. از خداوند تعالی سعادت ملت اسلام را و سعادت جوان‌ها را خواستارم. و امیدوارم که همان طوری که پیشنهاد شده است، دانشگاه‌ها را از همه عناصر تخلیه کنند و از همه وابستگی‌ها تخلیه کنند، تا اینکه ان‌شاءالله یک دانشگاه صحیح [با] اخلاقی اسلامی [و] فرهنگ اسلامی تحقق پیدا بکند.»
تنش در سخنرانی تبریز و آغاز انقلاب فرهنگی
هرچند سخنرانی امام در اول اردیبهشت‌ماه ۱۳۵۹ نقشی کلیدی در شتاب گرفتن روند انقلاب فرهنگی داشت اما این ماجرا از چند روز قبل آغاز شده بود. ۲۶ فروردین سال ۵۹ بود حجت‌الاسلام والمسلمین هاشمی رفسنجانی عضو وقت شورای انقلاب، برای ایراد چند سخنرانی به تبریز رفت و در سالن دانشکده پزشکی دانشگاه تبریز به سخنرانی پرداخت، پس از پایان سخنرانی قرار شد وی جلوی ساختمان مرکزی دانشگاه به پرسش‌های دانشجویان پاسخ دهد ولی اجتماع دانشجویان به تشنج کشیده شد و هاشمی رفسنجانی به دلیل آشفته شدن جلسه، بدون شرکت در جلسه سخنرانی بعدی دانشگاه تبریز را ترک کرد.
در پی وقوع این حادثه دانشجویان مسلمان پیرو خط امام در تبریز به ساختمان مرکزی دانشگاه رفتند و مسوولان و کارکنان ساختمان مرکزی را بیرون کرده و آنجا را به تصرف خود درآوردند. دانشجویان اعلام کردند تا زمانی که انقلاب فرهنگی انجام نشود و پاکسازی در سطوح دانشجویی، اعضای هیات علمی و کارکنان دانشگاه صورت نگیرد ساختمان مرکزی را ترک نمی‌کنند. این حادثه با استقبال فراوان دولت و گروه‌های دانشجویی روبرو شد.
در همین روز‌ها اعلام تعطیلی دانشگاه‌ها با موافقت‌ها و مخالفت‌های فراوانی مواجه شد. از جمله ۲۷ فروردین سال ۵۹ درگیری‌هایی بین مدافعان و مخالفان تعطیلی دانشگاه‌ها در دانشگاه پلی تکنیک (امیرکبیر) رخ داد. در همین حال دکتر حسن حبیبی، وزیر وقت فرهنگ و آموزش عالی اعلام کرد که دانشگاه‌ها باید تا آخر سال به کار خود ادامه دهند و پس از آن اگر کاری لازم باشد انجام خواهد شد.
با وجود این جو تنش و التهاب همچنان در دانشگاه‌ها بالا بود، به طوری که شورای انقلاب طی اطلاعیه‌ای در خصوص وقایع دانشگاه‌ها اعلام کرد کسانی که دلشان برای انقلاب اسلامی نمی‌تپد و درک دیگری از دانشگاه دارند با ایجاد بحران در امور دانشگاهی و تبدیل آن به ستاد عملیات سیاسی تفرقه‌آور مانع دگرگونی بنیادی دانشگاهی شده‌اند و باعث نارضایتی همه علاقه‌مندان به تعلیمات عالیه متعهد گردیده‌اند.
ابوالحسن بنی‌صدر، رییس‌جمهور وقت نیز در پاسخ به پرسش خبرنگار خبرگزاری پارس در خصوص تغییر نظام آموزشی اظهار داشت: اصل قضیه که نظام آموزشی باید تغییر کند مساله قابل تردیدی نیست. خود من سال‌ها در مورد آن فکر کرده‌ام و بررسی‌هایی انجام داده‌ام، اما اینکه این موقع را باید انتخاب کرد یک مساله دیگر است.
در پی بالا گرفتن فضای تشنج، بسیاری از دانشگاه‌های کشور با اوج گرفتن درخواست انجام انقلاب فرهنگی در روز ۲۹ فروردین سال ۵۹ تصرف شد. اشغال دانشگاه مشهد و دانشگاه شیراز توسط برخی از دانشجویان و گروه‌هایی از مردم، اشغال دانشکده علوم بانکی که با زد و خوردهای فراوان و چندین مضروب صورت پذیرفت و نیز زد و خوردهای وسیع در دانشگاه تربیت معلم تهران از حوادث مهم زمینه‌ساز انقلاب فرهنگی بود.
تحرکات و درگیری در موسسات مختلف آموزش عالی از جمله مدرسه عالی بیمه، مدرسه عالی متحدین (دانشکده دختران)، موسسه آموزش عالی تکنولوژی انقلاب، موسسه هنرهای تزئینی، دانشکده پزشکی فیروزگر، مدرسه عالی کامپیو‌تر، تصرف مدرسه عالی اراک، اشغال دانشکده کشاورزی زنجان، تصرف دانشگاه کرمان و حوادث دانشکده علوم اقتصادی و اجتماعی بابلسر شرایطی را فراهم آورد که منجر به صدور اعلامیه دوم شورای انقلاب شد. دانشجویان و مردمی که دست به تصرف دانشگاه‌ها زده بودند خواستار «تصفیه و پاکسازی عناصر ناباب» در محیط آموزشی دانشگاه‌ها شدند.
خودداری احزاب از تخلیه دانشگاه و درگیری‌ها
شورای انقلاب در بیانیه دوم خود تصریح کرد دانشگاه‌ها تا پایان روز اول اردیبهشت تعطیل است و مردم و دانشگاهیان و دانشجویان باید دانشگاه‌ها و موسسات آموزش عالی را ترک کنند. شورای انقلاب در این بیانیه تاخیر در دگرگونی بنیادی نظام آموزشی را ناشی از نابسامانی‌ها و درگیری‌های گوناگون ذکر کرد و اظهار داشت چنین وضعی را مغایر با تدارک فرصت جهت دگرگونی بنیادی نظام آموزشی می‌داند.
در این بیانیه تصریح شد: تصمیم شورا در مورد برچیدن ستاد‌ها در دفا‌تر سیاسی گروه‌های مختلف شامل تمام مراکز، دفتر‌ها و اتاق‌هایی است که به نحوی به گروه‌ها مربوط می‌شود و کتابخانه‌ها و دفترهای هنری، ورزشی و نظایر این‌ها را شامل می‌شود. شورا از همه مردم خواست تا آمادگی خود را برای اجرای این تصمیمات حفظ کنند و در عین حال برای آسان کردن کار تخلیه ستاد‌ها از تجمع در حول و حوش دانشگاه‌ها و موسسات آموزش عالی خودداری کنند. این نکته نیز در بیانیه آمد که: بدیهی است در هر لحظه که شورای انقلاب لازم بداند با یک پیام رادیویی از مردم خواسته می‌شود که همراه رییس‌جمهوری و شورای انقلاب به دانشگاه‌ها بروند.
به دنبال بیانیه شورای انقلاب، ستاد و سازمان دانشجویان دانشگاه شیراز وابسته به دانشجویان پیرو خط امام که دانشکده‌های پزشکی، ادبیات، علوم و مهندسی را به اشغال خود درآورده بودند دانشکده ادبیات و علوم را به استانداری تحویل دادند. در همان روز نیز نمایندگانی از جانب انجمن‌های دانشجویان مسلمان در ملاقاتی با مهندس بازرگان، دکتر باهنر و مهندس معین‌فر اعضای شورای انقلاب، مسائل مربوط به درگیری‌های روزهای اخیر در سطوح دانشگاه‌ها و مساله برچیدن دفا‌تر و سازمان‌ها و گروه‌های سیاسی را در دانشگاه‌ها مطرح ساخته و مورد بحث و بررسی قرار دادند.
به جز دانشگاه شیراز، تخلیه دفا‌تر سیاسی در دانشگاه‌ها به سادگی صورت نپذیرفت و در پی اعلام تخلیه دفا‌تر سیاسی دوباره جوی ناآرام دانشگاه‌های کشور را فرا گرفت. در دانشگاه ملی (شهید بهشتی)، انجمن اسلامی و جنبش دانشجویان مسلمان و انجمن دانشجویان مسلمان (هواداران مجاهدین خلق) دفا‌تر خود را تخلیه کردند ولی گروه‌های دانشجویی پیکار و پیشگام (دانشجویان هوادار سازمان پیکار و چریک‌های فدایی) از این کار خودداری کردند. در دانشگاه تهران نیز هیچ گروهی حاضر به تخلیه مقر خود نبود، اما اوضاع در دانشگاه آرام بود.
خودداری برخی گروه‌ها از تخلیه مقرهای خود درگیری‌های گسترده‌ای به بار آورد که حدود ده روز در سراسر کشور به طول انجامید. بعد از این درگیری‌ها دانشگاه‌ها یکی پس از دیگری به کنترل دانشجویان مسلمان درآمد و آنچنان که شورای انقلاب اعلام کرد، دانشگاه‌ها از پانزدهم خرداد ماه به مدت نامعلومی تعطیل شدند.
ستادی که به شورا تبدیل شد
هدف تعطیلی دانشگاه‌ها، اصلاح نظام آموزشی کشور اعلام شد و فرصتی فراهم آورد تا ستاد انقلاب فرهنگی در ۳۰ ماهی که دانشگاه‌ها همچنان بسته باقی ماند، برای نظام آموزشی سامان تازه‌ای تعریف کند. پایان کار دانشگاه‌ها در خرداد ۵۹ و آغاز فعالیت‌های ستاد انقلاب فرهنگی منجر به اجرای طرح‌ها و برنامه‌هایی مانند تشکیل جهاد دانشگاهی، تدوین برنامه‌های آموزشی جدید، ادغام و انحلال برخی از دانشگاه‌ها، بررسی مدیریت دانشگاه‌ها، تدوین لایحه تربیت مدرس، تامین گزینش استاد، تشکیل مرکز نشر دانشگاهی، تشکیل کمیته اسلامی کردن دانشگاه‌ها، طرح اعزام محصل به خارج و طرح تقسیم مناطق آموزشی و هماهنگی با تقسیمات کشوری شد.
در قسمتی از فرمان امام درباره انقلاب فرهنگی آمده بود: «مدتی است ضرورت انقلاب فرهنگی که امری اسلامی است و خواست ملت مسلمان میباشد اعلام شده است و تاکنون اقدام مؤثری انجام نشده است و ملت اسلامی و خصوصاً دانشجویان با ایمان متعهد نگران آن هستند و نیز نگران اخلال توطئه‌گران که هم اکنون گاه‌گاه آثارش نمایان می‌شود و ملت مسلمان و پایبند به اسلام خوف آن دارند که خدای نخواسته فرصت از دست برود و کار مثبتی انجام نگیرد و فرهنگ همان باشد که در طول مدت سلطه رژیم فاسد کارفرمایان بی‌فرهنگ، این مرکز مهم اساسی را در خدمت استعمارگران قرار داده بودند. ادامه این فاجعه که مع‌الاسف خواست بعضی گروه‌های وابسته به اجانب است، ضربه‌ای مهلک به انقلاب اسلامی و جمهوری اسلامی وارد خواهد کرد و تسامح در این امر حیاتی، خیانتی عظیم بر اسلام و کشور اسلامی است. بر این اساس به حضرات آقایان محترم محمدجواد باهنر، مهدی ربانی املشی، حسن حبیبی، عبدالکریم سروش، شمس آل‌احمد، جلال‌الدین فارسی و علی شریعتمداری مسوولیت داده می‌شود تا ستادی تشکیل دهند و از افراد صاحب نظر متعهد، از بین اساتید مسلمان و کارکنان متعهد با ایمان و دیگر قشرهای تحصیل کرده، متعهد و مؤمن به جمهوری اسلامی دعوت نمایند تا شورایی تشکیل دهند و برای برنامه ریزی رشتههای مختلف و خط مشی فرهنگی آینده دانشگاه‌ها، بر اساس فرهنگ اسلامی و انتخاب و آماده سازی اساتید شایسته، متعهد و آگاه و دیگر امور مربوط به انقلاب آموزشی اسلامی اقدام نمایند.»
ستاد انقلاب فرهنگی طبق فرمان امام (ره) ملزم بود که در برخورد با مسایل دانشگاهی فعالیت‌های خود را بر چند محور متمرکز کند: ۱ـ تربیت استاد و گزینش افراد شایسته برای تدریس در دانشگاه‌ها، ۲ـ گزینش دانشجو، ۳ـ اسلامی کردن جو دانشگاه‌ها و تغییر برنامه‌های آموزشی دانشگاه‌ها، به صورتی که محصول کار آن‌ها در خدمت مردم قرار گیرد. بر این اساس، ستاد از صاحب‌نظران مختلف دعوت به همکاری نمود و در اولین گام گروه‌های برنامه ریزی در رشتههای پزشکی، فنی و مهندسی، علوم پایه کشاورزی، علوم انسانی و هنر تشکیل شد. از آنجایی که مدیریت دانشگاه‌ها در گذشته هماهنگ با فرهنگ اسلامی جامعه نبود، باید تغییراتی در مدیریت دانشگاه‌ها به عمل می‌آمد، سازمان دانشگاه‌ها باید دگرگون میشد و مهم‌تر از همه، محیط دانشگاه‌ها اسلامی میشد. برای این منظور، کمیتهای در ستاد با عنوان «کمیته اسلامی کردن دانشگاه‌ها»، تشکیل شد. با توجه به ناهماهنگی ضوابط و مقررات حاکم بر دانشگاه‌ها با شرایط انقلابی جامعه، قسمت اعظم فعالیت‌های ستاد بر اسلامی کردن دانشگاه‌ها و تعیین ضوابط و مقرراتی منطبق با موازین اسلامی متمرکز شد.
در شهریور ماه سال ۶۲ با توجه به نظر امام مبنی بر لزوم ترمیم و تقویت ستاد و مخصوصاً حضور مسئولین اجرایی در آن، به دنبال نامه رییس‌جمهور وقت، امام در تاریخ ۶۲/۶/۸ طی نامهای به پیشنهاد رییس‌جمهور مبنی بر ترمیم و تکمیل ستاد انقلاب فرهنگی پاسخ داد و از این تاریخ ستاد با ترکیب ذیل به فعالیت خود ادامه داد: نخست‌وزیر، وزرای فرهنگ و آموزش عالی و فرهنگ و ارشاد اسلامی، دو نفر دانشجو به انتخاب جهاد دانشگاهی و آقایان علی شریعتمداری، احمد احمدی، عبدالکریم سروش و مصطفی معین.
بعد از بازگشایی دانشگاه‌ها، فعالیت ستاد انقلاب فرهنگی ادامه یافت و اواسط آذرماه سال ۱۳۶۴ امام خمینی، روسای سه قوه و تعداد دیگری از مسوولان امور و اندیشمندان فرهنگی کشور را به جمع اعضای آن افزود و به این ترتیب ستاد انقلاب فرهنگی پس از حدود ۵ سال فعالیت، این بار تحت عنوان شورای انقلاب فرهنگی فعالیت خود را آغاز کرد.
گسترش و نفوذ فرهنگ اسلامی در شئون جامعه، تزکیه محیط‌های علمی و فرهنگی، تحول دانشگاه‌ها و مدارس، تعمیم سواد آموزی در جامعه، حفظ و احیاء آثار اسلامی و نشر افکار و آثار فرهنگی و اسلامی از جمله مهم‌ترین اهداف تشکیل این ستاد اعلام شد. همچنین تدوین اصول سیاست‌های فرهنگی نظام جمهوری اسلامی، تعیین مراجع برای تدوین برنامه‌های فرهنگی آموزشی و علمی و تحقیقاتی، تصویب آیین‌نامه‌های مهم و اساسی مراکز علمی و فرهنگی و آموزشی و پژوهشی کشور، تصویب ضوابط تاسیس این گونه مراکز، تدوین ضوابط برای گزینش استادان دانشگاه‌ها و معلمان مدارس، نظارت بر امور کتب درسی، تدوین ضوابط مربوط به روابط فرهنگی و علمی با دیگر مشاور‌ها، نظارت بر کلیه مصوبات شورای عالی انقلاب فرهنگی و تایید نامزدهای ریاست دانشگاه‌ها از جمله وظایف این ستاد تعیین شد.
