در پی به توپ بستن مجلس شورای ملی به دستور محمدعلی شاه و با حمایت لیاخوف روسی، که به کشته و متواری شدن نمایندگان مجلس، جمعی از خطبا و روزنامه‌‏نگاران انجامید، محمدعلی شاه به این نتیجه رسید که پایه‏‌های حکومتش تثبیت شده و این موضوع باید به اطلاع والیان کلیه شهر‌ها برسد و باقی نقاط کشور نیز این «تثبیت» و شروع «دوران تازه» را به رسمیت بشناسند. این چنین بود که وی با ارسال تلگراف‌هایی به شهرهای مختلف که خبر از پیروزی وی بر مشروطه‌خواهان می‌داد، همگان را به پیروی از حکومت مرکزی دعوت کرد.

همزمان با شروع انقلاب مشروطه در تهران و گسترش آن در سراسر کشور، مجاهدین و آزادیخواهان آذربایجانی و قفقازی به فرماندهی ستارخان و باقرخان در حمایت از مشروطیت قیام کردند و در مقابل قوای ۳۵ تا ۴۰ هزار نفری اعزامی از مرکز و خوانین محلی به فرماندهی عبدالمجید میرزا عین‌الدوله که برای سرکوبی قیام تبریز اعزام شده بودند به شدت مقاومت کردند.

میان نیروهای دولتی حامی محمدعلی شاه و آزادی‌خواهان درگیری پدید آمد، آزادی‏خواهان شهر را به تصرف خود درآوردند، عین‌‏الدوله و سپاهیانش را به عقب راندند و از تسلط آن‌ها به شهر ممانعت کردند. در پی این اتفاقات نیروهای دولتی، تبریز را به محاصره درآوردند و مانع رسیدن آذوقه به شهر شدند. قحطی شدیدی شهر را فرا گرفت به طوری که مردم شهر برای نجات از مرگ، از برگ درختان و علف‏‌های بیابان استفاده می‌‏کردند و بسیاری از آن‌ها در همین دوره بر اثر شدت گرسنگی جان باختند. با همه این‌ها، مقاومت مردم و مجاهدان آذربایجان به رهبری ستارخان و باقرخان، حدود ۱۱ ماه ادامه یافت. در این مدت زندگی بر مردم بسیار سخت و طاقت‌فرسا گذشت تا اینکه قرار بر این شد تا نمایندگان دولت‌‏های روسیه و انگلستان، به ظاهر برای حفظ جان اتباع خود در تبریز وارد این شهر شوند.

این چنین بود که سپاهیان روس در تاریخ نهم اردیبهشت‌ماه ۱۲۸۸ وارد تبریز شدند و راه جلفا را برای ورود آذوقه باز کردند. در نتیجه محاصره تبریز به پایان رسید و سربازان دولتی و خوانین محلی مخالف مشروطیت از اطراف شهر دور شدند.

همزمان با ورود سربازان روسی در تبریز، موقعیت برای مبارزانی چون ستارخان و باقرخان سخت و خطرناک شد. آن‌ها به اتفاق جمعی دیگر از سران آزادیخواه به قنسولگری عثمانی پناهنده شدند. سپس تحت فشار روس‌ها و توسط مخبرالسلطنه از تبریز اخراج و بنا بر دعوت آیت‌الله محمدکاظم خراسانی به همراه جمعی از مجاهدین در روز هشتم ربیع‌الاول ۱۳۲۸ هجری قمری به تهران مهاجرت کردند. در همین حال روس‌ها که در اردیبهشت‌ماه ۱۲۸۸ برای حفظ جان اتباعشان وارد تبریز شده بودند تا هنگام انقلاب کبیر روسیه و سقوط حکومت تزار‌ها - یعنی حدود هشت سال بعد - در تبریز باقی ماندند.