حجج‌اسلام خامنه‌ای و هاشمی رفسنجانی در این نامه با اشاره به آنچه بر حزب جمهوری اسلامی طی هشت سال فعالیت گذشته بود، به دلایل عدم نیاز به وجود حزب جمهوری اسلامی پرداخته بودند.

متن نامه آقایان خامنه‌ای و هاشمی رفسنجانی به امام بدین شرح است:

«بسم الله الرحمن الرحیم

محضر مبارک مرجع عالیقدر و رهبر کبیر انقلاب

حضرت امام خمینی- مدظله‌العالی

همان‏طور که آن رهبر عزیز اطلاع دارند، تاسیس «حزب جمهوری اسلامی» از طرف هیات موسس با مشورت آن مقام معظم و در شرایطی انجام شد که نیاز به یک تشکل در برابر انبوه مسائل در آغاز انقلاب و لزوم انسجام و انتظام نیروهای آگاه و مؤمن و گسترش آگاهی‌های انقلابی و تربیت کادرهای فعال و کارآمد برای اداره کشور و خنثی کردن توطئه گروهک‌ها و عوامل دشمن خارجی و ضد انقلاب داخلی به شدت احساس می‌‏شد. این حزب در طول سال‌های گذشته در حد توان خود به منظور تثبیت نظام جمهوری اسلامی و انجام تکالیف بزرگی که بر دوش خود حس می‌‏کرد، از هیچ کوششی فروگذار نکرد؛ و در کوران توطئه‏های چپ و راست با فداکاری و تقدیم شهدایی که بعضی از آنان چهره‏های برجسته و فراموش نشدنی انقلابند، از جمله شهدای هفتم تیر، نقاب از روی نفاق برانداخت و مظلومیت و حقانیت خط امام را به نمایش گذارد. در طول جنگ تحمیلی، حزب جمهوری اسلامی در سراسر کشور به وظیفه اسلامی خود برای بسیج مردم و شرکت فعال در جبهه‏های نور عمل کرد، و جمعی از کادر‌ها و اعضای آن در این جهاد مقدس به افتخار شهادت نایل آمدند. تعبد افراد این حزب به اسلام و اعتقاد راسخ آنان به ولایت فقیه، که خود عامل مهمی در کینه‌توزی ضدانقلاب بود، ایجاب می‌‏کرد که در مراحل و مقاطع مختلف انقلاب، با کسب رهنمودهایی از آن مقام معظم، حرکت حزب را تنظیم و سیاست‌های آن را پی‌ریزی‏ نمایند.

اکنون به فضل الهی نهادهای جمهوری اسلامی تثبیت شده و سطح آگاهی و درک سیاسی آحاد ملت انقلاب را از جهات عدیده آسیب‌ناپذیر ساخته و روشن‌بینی و توکل و قوت اراده آن رهبر عالیقدر و فداکاری و آمادگی مردم حزب الله توطئه‏های ضد انقلاب داخلی و استکبار جهانی را بی‏اثر و کم خطر نموده است. لذا احساس می‌‏شود که وجود حزب، دیگر آن منافع و فواید آغاز کار را نداشته، و بلعکس، ممکن است تحزب در شرایط کنونی بهانه‏ای برای ایجاد اختلاف و دودستگی و موجب خدشه در وحدت و انسجام ملت گردد، و حتی نیرو‌ها را صرف مقابله با یکدیگر و خنثی‌سازی یکدیگر کند. لذا، همان‏طور که قبلاً نیز کراراً عرض شد، شورای مرکزی پس از بحث و بررسی مبسوط و مستوفا با اکثریت قاطع به این نتیجه رسید که مصلحت کنونی انقلاب در آن است که «حزب جمهوری اسلامی» تعطیل و فعالیت‌های آن به کلی متوقف گردد.

مراتب برای استحضار و کسب رهنمود عالی معروض می‌‏گردد.

والامر الیکم، و ادام الله بقائکم الشریف

سیدعلی خامنه‏ای- اکبر هاشمی رفسنجانی‏»

امام خمینی در پاسخ به نامه رهبران حزب، موافقت خود را با انحلال آن اعلام کردند. متن پاسخ امام به شرح ذیل است:

«بسمه تعالی

جنابان حجج الاسلام آقای خامنه‏ای و آقای هاشمی- دام توفیقهما.

موافقت می‌‏شود. لازم است تذکر دهم که حضرات آقایان موسسین محترم حزب، مورد علاقه اینجانب می‌‏باشند. امیدوارم همگی در این موقع حساس با اتفاق و اتحاد در پیشبرد مقاصد عالیه اسلام و جمهوری اسلامی کوشا باشید. ضمناً تذکر می‌‏دهم که اهانت به هر مسلمانی چه عضو حزب باشد یا نه بر خلاف اسلام و تفرقه‌اندازی در این موقع از بزرگ‌ترین گناهان است. والسلام علیکما و رحمة الله.

۱۱ خرداد ۶۶

روح الله الموسوی الخمینی»

به این‌ ترتیب رهبران حزب جمهوری اسلامی با کسب اجازه از امام، یک ماه بعد، در تاریخ ۱۲ تیرماه ۱۳۶۶ انحلال حزب جمهوری اسلامی را اعلام کردند و به قول اکبر هاشمی رفسنجانی فتیله حزب را پایین کشیدند.