نرودا که یک کمونیست و از دوستان سالوادور آلنده بود، در ۲۳ سپتامبر ۱۹۷۳ در سن ۶۹ سالگی دو هفته پس از کودتای نظامی علیه دولت آلنده و روی کار آمدن ژنرال پینوشه درگذشت. علت مرگ وی ابتلا به سرطان پروستات اعلام شده و بنیاد نرودا هم تصریح کرده که «به هیچ وجه شاهدی حاکی از اینکه پابلو نرودا به دلیلی غیر از سرطان درگذشته باشد، وجود ندارد» اما اخیرا مانوئل آرایا، منشی، مشاور شخصی و راننده پابلو نرودا گفته که این شاعر شیلیایی به فرمان پینوشه کشته شده است.

آرایا در گفت‌وگو با مجله مکزیکی «پروسه‌سو» و سپس در شیلی گفته است که نرودا به‌خاطر جلوگیری از تبدیل شدن وی به یک مخالف تأثیرگذار علیه حکومت کودتا، کشته شده است.

آرایا که اکنون ۶۵ سال سن دارد، به خبرگزاری فرانسه گفت: «پینوشه قاتل او بود. او نرودا را کشت تا وی نتواند کشور را ترک کند، برای اینکه او روشنفکری بود که پینوشه نمی‌خواست به‌عنوان یک مخالف وی را بپذیرد.»

مانوئل آرایا که تا چند ساعت پیش از مرگ نرودا در کنار بستر وی بود، اطمینان می‌دهد که نرودا در بیمارستان سانتا ماریا، واقع در سانتیاگو پایتخت شیلی نه به‌خاطر بد‌تر شدن وضعیت سلامتی‌اش که به دلیل "حفظ امنیت‌اش" بستری شده بود، چرا که او نگران و مضطرب بود و فکر می‌کرد حکومت جدید می‌خواهد او را نابود کند.

آرایا افزود نرودا به او گفته است از آمپولی که یک پزشک بیمارستان، شب گذشته به او تزریق کرده است، احساس خطر می‌کند. وی گفت یک هواپیما روز ۲۴ سپتامبر نرودا را برای رفتن به مکزیک انتظار می‌کشید اما او درست شب پیش از عزیمت درگذشت.

حزب کمونیست شیلی هم در بیانیه‌ای اعلام کرد که نرودا به دست دیکتاتوری پینوشه به قتل رسیده است. "گوئیرمو تئیر"، رئیس حزب کمونیست شیلی و بعضی نمایندگان از هر دو حزب پارلمان این کشور و همچنین سازمان‌های حقوق بشری در شیلی خواستار روشن شدن ماجرای مرگ این شاعر شدند.

بی‌بی‌سی هم گزارش داد که یک قاضی شیلیایی تحت فشار حزب کمونیست اکنون دستور آغاز تحقیقات قتل را داده است.

چندی پیش نیز جسد سالوادور آلنده برای بررسی درباره نحوه مرگ وی نبش قبر شد، چرا که این احتمال مطرح شده که علت مرگ او نه خودکشی که قتل توسط نظامیان کودتاچی بود.