تاریخ ایرانی: عباس سلیمی نمین، پژوهشگر تاریخ معتقد است مظفر بقایی رهبر حزب «زحمتکشان ملت ایران» با سازمان یهود ارتباط داشت و در بیان دلایلش می‌گوید: «علت پیچیدگی او و با احتیاط حرکت کردنش و اینکه هم از بیرون مورد حمایت است و هم از داخل، به این معنی است که او رعایت خیلی از اصول را می‌کند.»

به گزارش «تاریخ ایرانی»، سلیمی نمین در گفت‌وگو با هفته‌نامه «صدا» (۲۳ آبان ۹۴) یکی از نشانه‌های نفوذ را دعوای کاذبی می‌داند که همواره بین جریانات سیاسی ایجاد می‌شود و می‌گوید: «بقایی یکی از سیاست‌هایش این بود که نزاع کاذب ایجاد شود تا دشمن اصلی چهره‌اش پنهان شود.» او افزود: «رفتار حسن آیت ادامه همان مسیر بقایی در ایجاد دشمنی کاذب بین جریانات فکری بود. آنچه ما الان بین جریانات سیاسی می‌بینیم اختلاف فکری نیست بلکه دشمنی است. من در این ستیزه‌جویی روح مظفر بقایی را می‌بینم نه روح امام را.» 

سلیمی نمین با اشاره به روابط بقایی با روسای ساواک گفت: ‌«من فکر می‌کنم بقایی در آژانس یهود آموزش‌ دیده و نه به خاطر شخصیت بلکه به خاطر ارتباطاتش مورد احترام ساواک بود. این برداشت من است. بنابراین مظفر بقایی هم در دستگاه مصدق و هم از طریق مصدق به دستگاه کاشانی نفوذ می‌کند.» 

او درباره نقش مظفر بقایی در کودتای ۲۸ مرداد ۳۲ نیز گفت: «در تاریخ گاهی خود فرد می‌خواهد مدتی دستگیر شود تا هویتی خاص پیدا کند. در جامعه بعضی عناصر پیچیده خودشان به ساواک خط می‌دهند که چند روزی دستگیر شوند و این موضوع درباره بقایی کاملاً صادق است. در حالی که نقش مؤثر و تعیین‌کننده در کودتا داشت به ساواک خط داد که دستگیرش کنند تا مردم نتوانند به ماهیت او دست یابند.»